Die Zusammensetzung bzw. auch die Identität von Lebensmitteln pflanzlicher Herkunft kann mit Hilfe der Lichtmikroskopie und auch der Rasterelektronenmikroskopie überprüft werden. Alle pflanzlichen Bestandteile wie Blätter, Blüten, Wurzeln, Rinde, Samen und Körner weisen unterschiedliche charakteristische Merkmale auf. So kann man z. B. sehr schnell nachweisen, ob es sich bei dem deklarierten Safran auch tatsächlich um die Blütenstempel der Safranpflanze oder um die Blütenstempel der Saflordistel handelt. Auch die Überprüfung von Kräutern und Kräutermischungen auf Verfälschungen beispielsweise von Oregano, das mit Blättern von Olivenbaum und/oder Zistrose versetzt wurde, oder auch Kräuter-Teemischungen auf das Vorhandensein von gesundheitsschädlichen Pflanzenteilen, ist mit Hilfe der Mikroskopie möglich.
Durch Einsatz eines Aufhellungsmittels, z.B. Chloralhydrat, können die mikroskopisch diagnostischen Merkmale, wie z.B. Haare, Zellaufbau, Spaltöffnungen, Kristalle, Drüsenschuppen usw. identifiziert und so die einzelnen Komponenten voneinander unterschieden werden.
Diese Bestimmungsmerkmale werden erfasst und mit der hauseigenen Referenzsammlung verglichen. Hierzu hat das CVUA-RRW eine umfangreiche Sammlung mit ca. 2000 unterschiedlichen pflanzlichen Materialien aufgebaut und entsprechend dazu eine Datenbank mit den mikroskopisch, diagnostischen Merkmalen erstellt.
Da ein Rasterelektronenmikroskop (REM) im Vergleich zur Lichtmikroskopie eine wesentlich höhere Vergrößerung, eine 1000x größere Tiefenschärfe und einen dreidimensionalen Eindruck des Untersuchungsobjektes ermöglicht, wird ergänzend zum Lichtmikroskop in vielen Fällen ein Rasterelektronenmikroskop eingesetzt.
Mit Hilfe eines am REM eingebauten Detektors (EDX-Detektor) ist es außerdem möglich Elemente zu bestimmen. So können, die in Lebensmitteln bedauerlicherweise immer mal wieder vorkommenden Fremdkörper schnell identifiziert werden. Des Weiteren können Zusatzstoffe nicht nur analysiert werden, man kann auch deren Verteilung in Lebensmitteln, z.B. Titandioxid E171 in Lebensmittelfarben oder das Trennmittel Natriumferrocyanid E535 in Salz, erkennen. Aber auch Verfälschungen können schnell und ohne vorherige Aufarbeitung nachgewiesen werden wie z.B. Talkumpuder auf einer angeblich Edelschimmelpilz gereiften Salami.
Futtermittel-Mikroskopie
Auch im Bereich der Futtermitteluntersuchungen spielen mikroskopische Untersuchungen eine wichtige Rolle. So kann mithilfe der Lichtmikroskopie die botanische Reinheit und Echtheit bestimmt werden. Des Weiteren ist es möglich die Zusammensetzung von Mischfuttermitteln qualitativ sowie semiquantitativ zu bestimmen. Außerdem können unerwünschte Stoffe wie giftige Unkrautsamen (z.B. die als sehr giftig geltende Paternostererbse), Mutterkorn und Ambrosia in Futtermitteln nachgewiesen werden.
Ergänzend werden Futtermittel auf andere verbotene Stoffe wie Verpackungsmaterial (eingebracht durch Reste aus der Back-und Süßwarenindustrie), gebeiztes Saatgut, Mäuse-und Rattenkot sowie Schädlinge untersucht. Auch Schädlinge können anhand ihrer makroskopischen und mikroskopischen Merkmale bestimmt werden.
Eine der wichtigsten mikroskopischen Analysen bei Futtermitteln ist jedoch die Untersuchung auf tierische Proteine, z.B. Knochenspuren, da die Verfütterung von Proteinen, die aus Säugetieren gewonnen wurden, an Wiederkäuer verboten ist. Charakteristisch sind in diesem Fall die Konchenzellhöhlen (Lakunen), die sich bei Landtierknochen und Fischknochen stark voneinander unterscheiden.