Schon lange ist bekannt, dass Haustiere erkranken können, wenn sie verschimmelte Futtermittel aufgenommen haben. Dieses zunächst veterinärmedizinische Problem fand eine Ergänzung im Bereich der Humanmedizin, als in der ersten Hälfte des vorigen Jahrhunderts russische Forscher aufzeigen konnten, dass auch die menschliche Gesundheit durch den Konsum verschimmelter Lebensmittel beeinträchtigt werden kann. Das unter dem Begriff "alimentäre toxische Aleukie" (ATA) zusammengefasste Krankheitsbild ist auch die erste Mykotoxikose, die beim Menschen nachgewiesen werden konnte.

Erst ab 1950 begannen Wissenschaftler der verschiedensten Fachrichtungen, sich intensiv mit der Verbreitung, der Isolierung und der Biosynthese der einzelnen Giftstoffe, zu beschäftigen, die von Schimmelpilzen auf Futter und Lebensmitteln produziert werden. Untersuchungen zur chemischen Struktur und zur toxikologischen Wirkungsweise dieser "Mykotoxine" schlossen sich an. So sind heute hunderte Mykotoxine bekannt, von denen jedoch nur wenige genauer charakterisiert werden konnten.

Mykotoxine sind Stoffwechselprodukte von Pilzen. Nicht zu den Mykotoxinen zählen die Giftstoffe, die in Fruchtkörpern gewisser Basidiomyceten (z.B. Knollenblätterpilz) enthalten sind.

Der Befall mit Pilzen kann direkt beim Wachstum der Pflanzen/Früchte erfolgen (Primärkontamination) (z.B. Mutterkorn bei Getreide) oder erst bei der Lagerung und/oder Weiterverarbeitung (Sekundärkontamination) (z.B. Aflatoxine in Maronen). Außerdem können diese vom Tier aufgenommen werden und dort im Körper eingelagert und/oder in die Milch übergehen (Carry Over) (z.B. Aflatoxin M1 in der Milch).